Yo lo primero que haría es instalar el arm9loaderhax (Una modificación de la consola que se instala por software y que permite el acceso completo a la consola). El proceso es prácticamente automático y hasta se podría decir que no hay riesgo debido a las comprobaciones del programa a la hora de hacer el proceso. Puedes seguir el siguiente tutorial para instalarlo (https://www.youtube.com/watch?v=QIjuHI_wc78).

Antes de empezar a hacer el tutorial te recomiendo que vayas a la sección de descargas en la página oficial de Gateway 3DS (http://www.gateway-3ds.com/downloads/) y descargues el firmware 3.7.1 (Viene comprimido en un .zip), lo descomprimas y que copies el archivo "launcher.dat" (Que creo que está dentro de una carpeta al descomprimir el .zip) a la raíz de la micro SD. Una vez hecho eso, enciendes la consola (Con la micro SD insertada en la consola), vas al navegador de internet (Necesitas una conexión a Internet) y pones la siguiente URL (go.gateway-3ds.com), a los pocos segundos te aparecerá el menú de Gateway 3DS (Si la consola se congela y no lo carga prueba a borrar las cookies y el historial en la configuración del navegador). Una vez allí te vas a la opción que diga "Backup System NAND", le das a la "A" y después a "START" para iniciar el proceso (Necesitas 2GB aproximadamente de espacio libre en la micro SD) y esperas hasta que acabe (Este proceso lo que va a hacer es hacer una copia de la SysNAND en la micro SD que tienes que guardar muy bien ya que si algún día quieres desinstalar el arm9loaderhax lo vas a necesitar y si algún día se brickea la consola también lo vas a necesitar), una vez que haya acabado apagas la consola (Si aprietas "Abajo" en la cruceta y "B" al mismo tiempo la consola se apaga) y metes la micro SD al ordenador, en la raíz habrá un archivo llamado NAND.bin, lo cortas y lo guardas en un lugar seguro en el PC (Ya que eso es el backup de la SysNAND de tu consola).

Una vez hecho esto ya puedes seguir el tutorial que te he puesto arriba con la única excepción de que una vez que tengas el arm9loaderhax instalado no actualices la consola a 11.0 ya que tienes que decidir una cosa:

Una vez instalado el arm9loaderhax vas a tener que decidir si quieres usar la SysNAND para el uso diario o si quieres crear una emuNAND para no tocar la SysNAND.

1.1 -> Desventajas de usar la SysNAND: Si no creas una emuNAND y lo ejecutas todo bajo SysNAND puedes correr el riesgo de que la consola se brickee y a pesar de que con el arm9loaderhax tienes una consola casi imbrickeable puede ser que no funcione el menú recovery del arm9loaderhax si la partición donde se guarda este exploit está dañada, dejándote como única solución un Hardmod.

1.2 -> Ventajas de usar SysNAND: El proceso es un poco más rápido ya que no hay que instalar la emuNAND y por ejemplo si quisieras jugar a juegos de la Virtual Console de GBA o juegos de DSiWARE no tendrías que instalarlo en la SysNAND y en la emuNAND para que funcionen. Si quieres cambiar la micro SD por otra nueva basta con copiar los archivos de la vieja a la nueva. Ganas aproximadamenete 2GB en la micro SD ya que no hay una emuNAND (Si vas a usar una flashcard no vas a usar la micro SD de la consola para casi nada así que poco te importa ese espacio de la emuNAND).

2.1 -> Desventajas de usar emuNAND: Se pierde un poco más de tiempo (Unos 10 minutos, que es lo que tarda en crearla, después es exactamente como la SysNAND) y si quieres cambiar de micro SD tienes que extraer la emuNAND e inyectarla a la nueva micro SD (Esto se hace con un programa llamado emuNAND Tool que de hecho está en portada y que es realmente sencillo de usar). Y te quita unos 2GB de espacio de la micro SD para guardar la emuNAND.

2.2 -> Ventajas de usar emuNAND: Si alguna vez se brickea, basta con restaurar una copia que tuvieras de ella o crear una nueva, por lo que no puedes perder nunca la consola ya que la SysNAND se mantiene siempre intacta. Puedes arriesgarte todo lo que quieras a trastear con ella ya que no hay riesgo de que puedas brickear la consola.

Si decides usar la SysNAND basta con que sigas el tutorial al pie de la letra (Puedes actualizar tranquilamente a 11.0 usando el CFW Luma 3DS ya que el exploit no se va a perder) pero si decides usar una emuNAND no tienes que actualizar la SysNAND y usar otra vez el launcher de Gateway 3DS (Seguir el mismo proceso que para hacer la copia de la SysNAND sólo que no hay que entrar a la misma opción cuando entres al menú) pero esta vez tienes que ir a la opción de "Format emuNAND" (Al hacer esto la micro SD entera se formateará así que copia todos los archivos de la micro SD al PC y sólo deja el launcher.dat en la raíz y una vez que el proceso termine vuelves a colocar los archivos que tenías a la micro SD), le das a la "A" y después a "START" para que empiece, una vez que termine puedes apagar la consola y restaurar los archivos del PC. Una vez creada esta emuNAND ya podrías actualizarla a la versión 11.0 cuando tengas la flashcard (O si decides usar el CFW Luma 3DS tendrías que asegurarte de que la opción "Autoboot SysNAND" esté desactivada para que entre a la emuNAND y no actualices la SysNAND por error).

Después de todo este rollo pasamos a tu duda:

A día de hoy tienes 3 opciones para cargar backups de 3DS:

1 -> Sky3DS

   1.1 -> Ventajas: Basta con arrastrar las ROMs en .3ds a la raíz de la micro SD que vayas a usar en la flashcard. Se puede usar con un CFW para intentar completar todas las cosas que le faltan

   1.2 -> Desventajas: Es bastante inútil estos días ya que simplemente se centra en la carga de ROMs de 3DS (Sólamente juegos que estén en formato físico) y vas a pagar un dinero que no merece la pena ya que no es mejor que Gateway 3DS o un CFW (De hecho es bastante inferior). Su elevado precio de debe a que carga ROMs en cualquier firmware pero hoy en día se puede hacer un downgrade en cualquier versión así que las otras dos opciones parecen mejores. Hay que usar los botones de la flashcard para cambiar de ROM y hay que pasar por todas las ROMs que no quieras hasta llegar a la que quieras.

2 -> Gateway 3DS

   2.1 -> Ventajas: Permite cargar ROMs de cualquier tipo en su flashcard (A excepción de GBA y DSiWARE que pronto le añadirán soporte). Basta con arrastrar las ROMs a la micro SD de la flashcard (Las ROMs en las que se use el online hay que parchearlas con un programa para que fucionen online pero el programa es bastante fácil de usar y sólo se tarda unos veinte segundos en hacerlo). Permite la instalación de archivos .cia y carga de Homebrew. Tiene un menú para poder elegir las ROMs de forma fácil y rápida. Permite usar la SysNAND o la emuNAND.

   2.2 -> Desventajas: No permite la carga de juegos de DSiWARE, GBA o DS en la emuNAND (De momento) pero se puede usar junto a un CFW para usar estas 3 carencias.

3 -> CFW (Luma 3DS)

   3.1 -> Ventajas: Es gratis, permite la carga de cualquier tipo de juegos, fácil de instalar, permite usar la SyNAND o la emuNAND.

   3.2 -> Desventajas: Los juegos hay que instalarlos en .cia en la micro SD de la consola, algunos juegos hay que conseguirlos en .3DS y convertirlos a .cia ya que no están en ese formato, se necesita el doble de espacio para instalar un juego (Si el .cia ocupa 1GB se necesitan al menos 2GB libres, 1GB para el .cia y 1GB para cuando se inatale el juego) (Hay un homebrew llamado freeshop que permite instalar los juegos a traves de internet sin necesidad de usar .cia pero solo hay juegos que estén en la eShop).

Si me pides mi opinión: Yo lo que haría es comprar la Gateway 3DS y compaginarlo con un CFW (Luma 3DS)(Por si algún día lo ncesitases).

Siento que sea una respuesta tan larga. Si tienes alguna duda no dudes en preguntarme.

Salu2