Claro que hay forma de dejarlo de fábrica, en tu caso basta con formatear la micro SD con Rufus o SD Formater para eliminar tanto los archivos como la emuNAND ya que todo lo que tienes (El CFW, la emuNAND, etc) lo tienes en la micro SD.

Realmente con sacar la micro SD ya no va a haber rastro de que alguna vez haya estado hackeada (Siempre y cuando no hayas ejecutado Homebrews en la SysNAND, en ese caso tendrías que formatear la SysNAND y listo).

PD: No hace falta que crees un post nuevo para cada duda que te surja, puedes ponerlo en forma de respuesta en alguno de los otros

Salu2