no tienes porque preocuparte por nada, eso suele pasar en la M3 real, yo tambien tengo varias roms que les pasa lo mismo, sin embargo nunca he tenido nungun tipo de problema a la hora de juagr. Y tranquilo, la microSD esta perfectamente, la fuente del problema es simplemente la flashcard que por decirlo de alguna forma es de mala calidad.

No obstante prueba con formatear la tarjeta de memoria e instalar la ultima version del firmware de la M3.

saludos 

Si lo que quieres es simplemente jugar a las ROMS de NDS, pilla la Rumble Pack, porque el vibrador, aunque no es compatible con todas las ROMS, suele dar buen apaño, véase como ejemplo Mario Kart o el Metroid Prime Pinball, eso sí, he leido quejas sobre la duración de la batería, que por supuesto se reduce notablemente con el uso del Rumble. De ahí tu elección para usarlo más o menos frecuentemente.

 Si estás dispuesto a llegar más lejos en tu andadura, pues por supuesto el Rumble Ram, que no es más que una ampliación de memoria para poder navegar. Y sí, hay diferencias con la PSP, la 1ª es que dispones del teclado en pantalla, lo cual lo hace menos coñazo. 

 Espero haberte podido servir de ayuda. Si tienes más dudas, postéalas que seguro que alguien contesta (si no yo mismo, claro).

Personalmente tengo el Rumble Pack y genial, no siempre lo pongo por las razones que te he comentado anteriormente (batería).