No formatees nada ni hagas nada estremo todavia.

Yo tras actualizar el firware de mi M3 Real tuve un problema identico y ande muy rayado. Volvi al anterior firware y estuve a punto de copiar nuevamente la copia de seguridad de la tarjeta que hice ante del proceso sobre la tarjeta hasta que en un momento de lucides me plantee que quizas la consola leia como incorrectos los savedata anteriores y no los reescribia por que ya existian. 

Meti la tarjeta en el ordenador y borre los savedata de los juegos en cuestion volviendo a crearlos al encender la consola y wala!!! Todo solucionado.