Por defecto twilight trae SnemlDS 0.6 by archeide el cual no graba partida si lo estás usando desde la sd, o al menos en todas las pruebas que he realizado no he conseguido que las partidas se mantengan tras apagar la consola.

Sin embargo sí graba usando twiligh menu desde tarjeta flash, por ejemplo, yo tengo una r4 gold y graba tanto dentro del juego como los save states, siempre y cuando en opciones se active la opción de guardado en sram.

Para twilight desde tarjeta sd, probé a activar la nueva versión de SnemlDS 0.6c (SnemulDS Revival), la cual viene en las últimas versiones aunque no está activado y sí mantiene las partidas guardadas tras apagar la consola.

Para activar esta versión del emulador simplemente en el archivo _nds\TWiLightMenu\settings.ini hay que añadir lo siguiente dentro del bloque de configuraciones [SRLOADER]

NEW_SNES_EMU_VER = 1

Después de eso y teniendo activado en opciones guardado en sram ya mantiene el guardado dentro del juego y los save states.

Antes de apagar la consola, fijarse que sale el mensaje de sram written y desaparece.