Hay varias formas de hacer downgrade, depende de la versión de firmware en la que te encuentres, la versión a la que quieras descender, del tipo de 3DS (old, new o 2ds), de las aplicaciones y herramientas que estés utilizando.
Por ejemplo, de 10.5 o 10.6->9.2 se emplea el hardmod, el menuhax y el sysupdater. Este proceso se puede tornar tedioso y prolongado por la inestabilidad de los exploits (a mi me han tomado hasta 50 intentos).
De 9.2->4.2 lo más sencillo es a través del browserhax/spiderhax en combinación con la aplicación Gateway.
De 9.2 a la que sea (incluyendo 2.0 para la extracción de la OTP) siempre aplico el downgrade a la EMUNAND y después inyecto la EMUNAND downgradeada a la sysnand con el Decrypt9.
Verifica que los CIAS que estás empleando estén correctos y que correspondan a la región de tu consola. Si en algún momento empleaste Flashcards en modo 3DS, en ocasiones cambian los tamaños de las particiones de las SysNAND como modo de protección contra la competencia, aunque esto último nunca lo he podido constatar..