Lo que me estás dando a entender es que tienes el Gateway 3ds con la versión 2.6 OMEGA y la versión de tu consola es 4.1.0-6u. ¿No es asi?.

Para crear el emuNAND en la tarjeta SD necesitas aproximadamente 1GB libre, y que esté vacía o que le quites todos los datos ya que cuando creas el emuNAND se formatea la SD. Después tienes que ir a Configuración de la consola>Otras opciones>Perfil>Perfil de Nintendo DS (Antes de darle a "perfil de Nintendo DS" tienes que mantener el botón "L"). Una vez en el menú buscas la opción "Format emuNAND", te preguntará que siquieres crearla y que se te formateará la SD, le das a "START" y empezará a crearla, cuando termine simplemente tienes que entrar al modo Gateway e irte a "Configuración de la consola", allí en la pantalla de arriba asegurate de que ponga GW3D X-X-X.XX (Las X son la versión de la emuNAND), si lo pone entra en "Otras opciones" y buscas "Actualizar", le das y entonces se te actualizará la versión de la emuNAND a la última versión de la consola (Solo se actualiza la emuNAND, es decir que la versión original de la consola no cambia) (Para actualizar la emuNAND necesitas conexión a internet)

NOTA: Creo que tienes que configurar las conexiones de internet ANTES de crear la emuNAND, no lo se exactmente, pero es lo que yo hice.

NOTA 2: Lo más seguro es que no tengas emuNAND, por lo que es normal que no te fuese el SSB, ya que necesita una emuNAND a partir de la 8.0 y además para poder jugar necesitas 1 GB libre para los datos adicionales del juego

PD: Siento que sea tan larga mi respuesta pero no podía simplificarla más.

Salu2 y espero que te sirva.