Primero que nada podrías probar en tu Pc habilitar ver archivos y carpetas ocultas, para ver los archivos si es que están ocultos, pero a lo que mencionas las memorias deben de estar dañadas o algo salio mal en algún proceso de actualización, a mi parece la opción es formatear cada una (Perderías los juegos eso si, aunque supongo que después podrás descargar algunos).

Una vez que conozcas cual es el error, descarga el firmware más nuevo disponible de su página oficial este es para actualizar la Flash Card en caso de que tuviera problemas de compatibilidad con alguna versión de NDS/NDSi y el Kernel más nuevo también (Este es tu menú).

Saludos!