Lo primero que hay que hacer es formatear la tarjeta de memoria en FAT16, puede que en tu windows solo aparesca FAT a secas (que en realidad es FAT16) y otra opcion FAT32.

La tarjeta funciona bien en ambos sistemas, pero como las tarjetas tampoco son de gran capacidad, con FAT16 tenemos suficiente, pero vamos podeis probar en ambos a ver si uno os va mejor que otro.

Una vez formateada, entras aqui:

http://nds.pesepe.com/es/story/r4ds-revolution

Descargate el kernel V1.11 que es el ultimo (gracias a Abismo contamos con el kernel en Castellano)

Una vez descargado y descomprimido copia todo los archivos y carpetas que hay, salvo el txt leeme. Lo pegas todo a tu tarjeta de memoria, si tus roms vienen comprimidas pues las descomprimes, copias y pegas a tu tarjeta de memoria, ya esta, tienes tu R4 lista para disfrutarla :o)

Luego te vas a esa pag:

http://nds.pesepe.com/es/p-gina-del-libro/como-ver-los-iconos-de-nintendo-ds-en-nuestro-pc-y-tarjeta-de-memoria

Y echas un vistaso a este tuto que te puede venir bien :o)

Te recomiendo que te pases por los tutoriales, aplicaciones, juegos, emuladores... en fin, que navegues un poco por esta WEB, seguro que veras cosas muy intersantes.

Un saludito.

EDITO: Se me olvidaba comentarte que al cargar las roms y homebrew, te preguntara si quieres crear un SAVE (archivo para guardar partidas, etc.) le tienes que dar a OK, o si no, no te van a rular..