1-Busca información sobre la cabecera de los archivos .nds y consigue cargar los 2 binarios de los procesadores en memoria. Básicamente un cargador de homebrew servirá.

2-Si consigues hacer eso, busca un sistema de parchear todos los accesos del juego al cartucho transformándolos en lecturas de la tarjeta, incluyendo las lecturas y escrituras de SRAM.

¿Muy fácil, verdad? Sobre todo el 2º paso. [/ironic]

PD: No tengo ni idea de como hacerlo, solo respondo para que te quites la idea de la cabeza. Eso déjaselo a los fabricantes de flashcarts.