Si que se puede, al momento de obtener los Backup de 3DS estos vienen con un relleno basura, por medio de un procedimiento nada complicado podremos eliminar dicha basura, la funcionalidad del juego no se ve afectada y el peso del archivo disminuye de manera considerable, ganando espacio en la Micro SD.
Tenemos un tutorial exclusivamente para esto: Reducir tamaño de Backups de 3DS con 3DS Rom Tool GUI.
Eso si, tendremos que hacer este proceso con cada juego que queramos "recortar".