1. Para mi las 3 mejores son: SuperCard DSONEi  M3i Zero y  Acekard 2i. Motivos? Simple. Firmware actualizable, kernels alternativos y con altísima compatibilidad para roms y homebrews, opciones avanzadas etc.
2. La M3i Zero la primera vez necesita ser programada mediante un cable que incluye en la compra. En la review se explica más detalladamente. La SuperCard DSONEi y la Acekard 2i ya están programadas de fábrica, aunque a esta última le tendrás que aplicar un "parche" para que funciona en el Firmware 1.4 de la DSi. Para aplicar dicho parche, necesitas una DSLite, NDS Clásica o DSi con Firmware 1.3.
3. No entiendo muy bien tu pregunta, pero si te refieres a que si los homebrews funcionan tanto en DSi como en DSLite, la respuesta es sí. Pero ojo, sólo los homebrews, hay juegos comerciales exclusivos para DSi que hacen uso de la cámara.

Saludos