De nada. Cuando lo instales y salgas del programa te dirá que se ha añadido un nuevo programa al menú Home y solo tienes que abrir el regalo y ya puedes jugar con él. Acuerdate de que para ver el .cia una vez dentro del BigBlue Menu tienes que darle a la derecha en la cruceta de dirección o tocar en la pantalla táctil la pestaña "SDMC", el .cia lo puedes guardar en cualquier lugar de la SD aunque es más aconsejable meterlos en una carpeta llamada CIA para encontrarlos más rápido.

Efectivamente cuando lo instales ya puedes borrar el .cia de la SD, de hecho hay una opción en el mismo programa para borrarlo (Hay que pulsar el botón "X" encima del .cia que quieras borrar), ya que el .cia es el instalador y no se necesita más a no ser que lo borres y lo quieras instalar de nuevo.

No es que no corras riesgo de baneo jugando a los juegos en .cia simplemente se reduce bastante el riesgo ya que es más seguro al no tener cabecera.

Salu2