Si. Para ello tendremos que usar alguna aplicacion que "recorte" las Roms de NDS. Normalmente ocupan tamaños exactos: 32Mb, 64Mb, 128Mb...Y en multitud de ocasiones hay espacio de relleno, no necesario para que la rom funcione, y que podemos eliminar sin quitarle nada de informacion al juego, ganando un valioso espacio en nuestra MicroSD. Podeis usar por ejemplo el NDSTokioTrim.
El juego seguira funcionando al 100%, pero ocupara notablemente menos. Eso si, tendremos que hacer este proceso con cada juego que queramos "recortar".