Puedes acer los graficos en 3D sinplemente con un editor de imagenes tridimensionales po ejemple el Google sketchUp, el Maya, el lightwave, ect. Con estos programas puedes crear animaciones de los personages, el fondo, los edificios, ect. El problemon es que con los editores 3D se tarda mucho (yo lo se por que estoy trabajando en un videojuego 3D total) y para las animaciones aun mas y lo peor es que estan en ingles (escepto en  Google sketchUp).

Pero lo del diseño y que lenguaje aun no se nada, bueno si que se que lo puedes acer si sabes programacion C/C++ ya que este es el lenguage de programacion que se usa en NDS.

Adios