No debería pues la forma en que funcionan los juegos y aplicaciones es muy sencilla basta con que pongas las roms *.nds ya sea directo a la raíz de la memoria o si lo deseas dentro de una carpeta (puedes llamarla como quieras), en tu caso hay de dos o el juego esta dañado o el mooshell esta corrupto, en cualquier caso prueba deacargando otro rom distinto del mismo juego o de otro juego diferente sino resulta entonces te recomiendo formatees tu memoria y le pases de nuevo el moonshell pero no el que ya tienes sino mejor descargate la última versión que tengan aquí mismo en el sitio y prueba de nuevo con tus juegos, con eso en teoría ya no debería haber problemas.

Suerte.