Suponiendo que la 3DS la tengas liberada

Solo requiere bajarte el hombrew para 3DS Checkpoint, una herramienta para hacer copias tanto de cartuchos fisicos como de los instalados de la 3ds de las partidas 

Los pasos son los siguentes

Abres la aplicacion, espera a que se carge el icono del cartucho DS, clicas en Backup, le pones el nombre que te de la gana por ejemplo 'partida original' se creara un save en la carpeta del programa 

Para acceder a dicho save original del fisico, esta es la ruta usando FBI:

Tarjeta SD - 3DS - Checkpoint - Saves - Nombre del juego

Previamente haz una segundo respaldo por si llegara a producirse un error poder revertir el proseso y no perder tus datos del fisico

Lo que tienes que hacer a continuacion es copiar el save del emulador a esa carpeta renombrando con el mismo nombre si lleva otro distinto para que el programa lo pueda detectar como que es el mismo backup.

Una vez hecho esto cerramos el FBI y regresamos al Checkpoint, volvemos al icono del juego y esta vez le damos a Restored para restaurar/sobre escribir los datos nuevos al cartucho.

Y ya estaría.

Requisitos para esto

- 3DS Liberada

- FBI

- Checkpoint

- cartucho original fisico