a mi me paso eso cuando compre mi TTDS hace unos años, la tenia hasta el tope de juegos, y al jugar uno, no paso nada, pero al jugar varios, obviamente, creaban el archivo sav que ocupaban espacio de la tarjeta por lo cual se trababa y se quedaba la pantalla en negro, por lo cual la solución que use fue guardar los archivos de los juegos en la laptop y formatear la tarjeta, y puse el  software más reciente de la tarjeta y volvi a poner los juegos, PERO, no todos, solo los que más jugaba en lo que compraba otra microSD de más capacidad, como no dices que tarjeta R4 tienes, aún así no se porque funciona en un ds normal XD pero prueba hacer el respaldo y poner el software más reciente de tu tarjeta, por cierto ahora con mi r4Ultra 2014 no me fallan los juegos porque ya aprendi la lección :P

sobres, espero te ayude en algo