pues seguramente ha sido una de estas dos cosas:

1-los conectores del cartucho no hacen contacto por estar rotos o doblados, o por suciedad (hay gente que limpiando o simplemente soplando por la ranura de la midroSD y por la de los contactos ha conseguido que funcione)

2-el cartucho ha perdido el "firmware interno" (no lo que se copia en la microSD) por alguna razon (meter y/o sacar el cartucho con la ds encendida... hay varios motivos).

a mi me pasaron un cartucho r4-ultra.com que le pasaba lo del punto 2. te cuento como lo repare:

lo repare usando la actualizacion de la r4ultra.com para hacerlo compatible con la 1.4.1.los pasos que segui fueron estos:
1-copie la actualizacion de la r4ultra.com en la microSD de mi cartucho, un DSTT (valdria cualquira que funcione).
2-inicie la actualizacion desde mi DSTT (u otro que funcione).
3-cuando me pidio pulsar al boton A para empezar a actualizar cambie mi DSTT por el r4ultra.com.
4-pulse
el boton A y me instalo el firmware interno para la 1.4.1 en el
cartucho r4ultra.com que quedo como nuevo funcionando al 100%.

lo malo que que te puede pasar es que la actualizacion (1.4.,1.4.1 o 1.4.2 valdria cualquiera) no tenga la "pausa" de pulsar el boton A (u otro cualquiera) del punto 3 y lo haga todo seguido, entonces seguramente no te dara tiempo a cambiar el catucho y te dara un error diciendo que la actualizacion no es para ese cartucho. si te pasa esto todavia no se como repararlo (tengo un cartucho r4i-gold.com esperando a encontrar la solucion).